Natura 2000 ist eine europäische Naturschutzkonzeption auf Grundlage der EG-Vogelschutzrichtlinie aus dem Jahr 1979 und der FFH-Richtlinie (Fauna = Tierwelt, Flora = Pflanzenwelt, Habitat = Lebensraum) aus dem Jahr 1992. Die Staaten der Europäischen Union haben sich damit die Erhaltung der biologischen Vielfalt in Europa zum Ziel gesetzt und den Aufbau eines zusammenhängenden Netzes europäischer Schutzgebiete beschlossen. Nach Vorgaben der beiden Richtlinien muss jeder Mitgliedstaat daher Gebiete benennen, die für die langfristige Erhaltung von wildlebenden Vogelarten bzw. von europaweit gefährdeten Lebensräumen, Tier- und Pflanzenarten wichtig sind. In Deutschland sind dafür die Bundesländer zuständig. Baden-Württemberg hat Ende 2007 seine Gebietsmeldungen an die EU abgeschlossen.

Der Stadtkreis Ulm hat Anteil an den zwei FFH-Gebieten "Donau zwischen Munderkingen und Ulm und nördliche Iller" und "Blau und Kleine Lauter". Zudem befindet sich im Stadtkreis Ulm ein Teil des Vogelschutzgebietes "Täler der mittleren Flächenalb".